Tên gọi Hán ký tiếp tục được dùng trong giai đoạn Tam quốc – lưỡng Tấn, đến Nam bắc triều mới đổi là Đông Quán Hán ký. Từ đời Tấn, Đông Quán Hán ký cùng Sử ký và Hán thư hợp thành Tam sử, thành ra nhắc đến trước tác về lịch sử Đông Hán thì không thể bỏ qua bộ sách này .

Đông Quán Hán ký sang đời Tùy còn đến 143 quyển , sang đời Đường còn 127 hoặc 126 quyển . Từ đời Đường về sau, Đông Quán Hán ký bị Hậu hán thư thay thế trong vai trò tác phẩm lịch sử chính thức về đời Đông Hán . Sang đời Tống còn 43 quyển, sau sự biến Tĩnh Khang chỉ giữ được 8 quyển. Sang đời Nguyên hầu như không còn quyển nào nguyên vẹn .